Lost Sphear ha inizio in un luogo remoto dove un giovane, Kanata, si sveglia da un sogno terrificante e scopre che la sua città sta scomparendo. Per non lasciare che il mondo scompaia per sempre, Kanata e i suoi compagni dovranno ricostruire il mondo intorno a loro con il potere dei ricordi, materializzando i loro pensieri.